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Bien avant d'effectuer des comparaisons de matrices en 2 dimensions avec des logarithmes, il peut être intéressant d'effectuer une simple comparaison de correspondance entre deux échantillons polypeptides avec son AS (Alignement Score) et son NAS (indice d'alignement normalisé). A l'aide du code source FreePascal suivant, vous trouverez la réponse que vous souhaitez :

  1. Program SequenceComparaison;
  2.  
  3. Const
  4.  Poly:Array[0..1] of String = (
  5.   'GHGQEVALIERLFKGHPETLGLDGEWQLVLNVWGKVEADIPEC',
  6.   'GEYEGAALMERFLSFFPTTKVLDSPAKTVKNAWGKVGHAATAC'
  7.  );
  8.  
  9. Var
  10.  I:Byte;
  11.  NumCorrespondance:Integer;
  12.  _AS,_NAS:Integer;
  13.  Intervalle:Byte;
  14.  
  15. BEGIN
  16.  NumCorrespondance := 0;
  17.  Intervalle:=0;
  18.  WriteLn('Comparaison de séquence de polypeptides');
  19.  WriteLn;
  20.  WriteLn('C = Cyr');
  21.  WriteLn('S = Ser, T = Thr, P = Pro, A = Ala, G = Gly');
  22.  WriteLn('N = Asn, D = Asp, E = Glu, Q = Gln');
  23.  WriteLn('H = His, R = Arg, K = Lys');
  24.  WriteLn('M = Met, I = Ile, L = Leu, V = Val');
  25.  WriteLN('F = Phe, Y = Tyr, W = Trp');
  26.  WriteLn;
  27.  WriteLn('Echantillion A : ',Poly[0]);
  28.  WriteLn('Echantillion B : ',Poly[1]);
  29.  Write(' ':17);
  30.  For I := 1 to Length(Poly[0])do Begin
  31.   If Poly[0][I] = Poly[1][I]Then Begin
  32.    If Intervalle = 0 Then Intervalle := I;
  33.    Case Poly[0][I]of
  34.     'C': Inc(_AS,20);
  35.     Else Inc(_AS,10);
  36.    End;
  37.    Inc(NumCorrespondance);
  38.    Write('X');
  39.   End
  40.    Else
  41.   Write(' ');
  42.  End;
  43.  Dec(_AS,(Intervalle - 1) * 25);
  44.  _NAS := Trunc((_AS / Length(Poly[0])) * 100);
  45.  WriteLn;
  46.  WriteLn;
  47.  WriteLn('Nombre de correspondances : ',NumCorrespondance);
  48.  WriteLn('AS : ',_AS,' NAS : ',_NAS);
  49. END.

on obtiendra le résultat suivant :

Comparaison de sequence de polypeptides

C = Cyr
S = Ser, T = Thr, P = Pro, A = Ala, G = Gly
N = Asn, D = Asp, E = Glu, Q = Gln
H = His, R = Arg, K = Lys
M = Met, I = Ile, L = Leu, V = Val
F = Phe, Y = Tyr, W = Trp

Echantillion A : GHGQEVALIERLFKGHPETLGLDGEWQLVLNVWGKVEADIPEC
Echantillion B : GEYEGAALMERFLSFFPTTKVLDSPAKTVKNAWGKVGHAATAC
                 X     XX XX     X X  XX     X X XXXX      X

Nombre de correspondances : 16
AS : 170   NAS :  395

Voir également

Science - Biochimie

Dernière mise à jour : Jeudi, le 29 décembre 2011