Voici la liste des modules proposé par la bibliothèque Nucleus pour Python :
| Nom | Description |
|---|---|
| nucleus.examples.add_ad_to_vcf | Ce module contient les exemples de programme ajoutant le champ info AD à un fichier VCF. |
| nucleus.examples.apply_genotyping_prior | Ce module contient la mise à jour des appels de variante dans un fichier VCF ou gVCF étant donné les nouvelles priorités de génotype. |
| nucleus.examples.ascii_pileup | Ce module permet d'afficher une image empilée d'art ASCII. |
| nucleus.examples.count_variants | Ce module permet de compter les variantes dans un VCF, à la fois par type et par chromosome. |
| nucleus.examples.filter_vcf | Ce module permet l'Écriture de toutes les variantes dans un fichier VCF avec une qualité supérieure à 3,01. |
| nucleus.examples.print_tfrecord | Ce module permet d'afficher un fichier TFRecord créé par Nucleus. |
| nucleus.examples.validate_vcf | Ce module permet de valider la correspondance entre un fichier VCF et un fichier de référence FASTA. |
| nucleus.io.bed | Ce module contient les classes de lecture et d'écriture de fichiers BED. |
| nucleus.io.bedgraph | Ce module contient les classes de lecture et d'écriture de fichiers BedGraph. |
| nucleus.io.clif_postproc | Ce module contient un postprocesseurs CLIF. |
| nucleus.io.converter | Ce module contient un programme de conversion universel pour les formats de fichiers génomiques supportés par le noyau. |
| nucleus.io.fasta | Ce module contient les classe de lecture des fichiers FASTA. |
| nucleus.io.fastq | Ce module contient les classes de lecture et d'écriture de fichiers FASTQ. |
| nucleus.io.genomics_reader | Ce module permet de fournir l'interface pour la lecture des données génomiques. |
| nucleus.io.genomics_writer | Ce module permet de fournir l'interface pour l'écriture de données génomiques. |
| nucleus.io.gff | Ce module contient les classes de lecture et d'écriture de fichiers GFF. |
| nucleus.io.gfile | Ce module contient une interface Python pour les fichiers. |
| nucleus.io.sam | Ce module contient les classes de lecture et d'écriture de fichiers SAM et BAM. |
| nucleus.io.sharded_file_utils | Ce module contient les fonctions utilitaires pour travailler avec des fichiers partitionnés. |
| nucleus.io.tabix | Ce module permet de créer des index tabix pour les VCF. |
| nucleus.io.tfrecord | Ce module contient les entrées/sorties pour les fichiers TFRecord. |
| nucleus.io.vcf | Ce module contient les classes de lecture et d'écriture de fichiers VCF. |
| nucleus.pip_package.setup | Ce module est un faux module setup.py pour installer Nucleus. |
| nucleus.testing.test_utils | Ce module contient les utilitaires pour aider à tester le code. |
| nucleus.testing.test_utils | Ce module contient les fonctions utilitaires pour travailler avec les opérations d'alignement CIGAR. |
| nucleus.util.errors | Ce module contient la bibliothèque d'erreurs spécifiques à l'application. |
| nucleus.util.genomics_math | Ce module contient les fonctions mathématiques pour travailler avec des données génomiques. |
| nucleus.util.proto_utils | Ce module contient la bibliothèque utilitaire pour travailler avec des protobufs. |
| nucleus.util.ranges | Ce module contient les utilitaires pour la détection de chevauchement d'intervalles. |
| nucleus.util.sequence_utils | Ce module contient les fonctions utilitaires pour manipuler les séquences d'ADN. |
| nucleus.util.struct_utils | Ce module contient les utilitaires de prototype de Struct. |
| nucleus.util.utils | Ce module contient les fonctions utilitaires pour travailler avec des lectures. |
| nucleus.util.variant_utils | Ce module contient les utilitaires de variante. |
| nucleus.util.variantcall_utils | Ce module contient les utilitaires VariantCall. |
| nucleus.util.vcf_constants | Ce module contient les constantes liées à la spécification de variante VCF. |
| nucleus.util.vis | Ce module contient les fonctions utilitaires pour la visualisation et l'inspection d'exemples d'empilage. |
Dernière mise à jour : Mardi, le 27 octobre 2020