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Le logiciel NeoDesk est un remplacement de bureau intégré fourni avec les micro-ordinateurs personnels Atari ST, Stacy, STe, TT et Falcon030. Toujours à la pointe de la technologie de bureau, NeoDesk offre une manière simple mais incroyablement avancée d'utiliser votre ordinateur. Le NeoDesk ne tente pas de dupliquer le bureau intégré. Au lieu de cela, il s'appuie sur son propre système, qui, bien que similaire, parvient à étendre toutes ses limites et capacités. Parmi ses nombreuses fonctionnalités et capacités, ces améliorations majeures :

• Support multitâche complet pour les utilisateurs de Geneva et MultiTOS. Cela inclut la prise en charge des opérations sur les fichiers et les disques en arrière-plan, les menus détachables, l'exécution de plusieurs programmes, le fait d'avoir le bureau dans une fenêtre ou de l'exécuter comme accessoire de bureau, et plus encore.
• De nouvelles boîtes de dialogue peuvent être affichées dans leur propre fenêtre et configurées pour apparaître juste sous la souris. Ils disposent également de capacités avancées d'édition de texte et d'équivalents clavier faciles à utiliser.
• Un aspect modernisé comprenant des boutons 3D et des barres de défilement 3D. Les barres de défilement sont désormais mises à jour en «temps réel», ce qui signifie que vous pouvez voir le contenu de la fenêtre défiler lorsque vous déplacez la barre de défilement.
• Nouveaux groupes puissants permettant de regrouper facilement n'importe quelle série de fichiers et de programmes. Ces fichiers peuvent alors avoir des noms descriptifs jusqu'à 20 caractères et être placés n'importe où dans la fenêtre elle-même.
• Prise en charge de la nouvelle norme d'icône de couleur. Ceux-ci peuvent utiliser jusqu'à 16 couleurs parmi autant de couleurs que votre résolution affiche, et ont des icônes sélectionnées et non sélectionnées distinctes. Vous pouvez même utiliser les icônes Windows.
• La capacité de «recherche» améliorée permet une correspondance avancée des fichiers et des modèles. Il place les résultats d'une recherche dans un groupe spécial, ce qui facilite l'enregistrement des résultats d'une recherche.
• Une refonte complète des menus déroulants les déplace là où ils sont le plus nécessaires. Les menus généraux se trouvent sur le bureau, les menus de fichiers spécifiques se trouvent dans les fenêtres de fichiers elles-mêmes.
• Un système d'aide contextuelle intégré avec des liens hypertextes.
• Prise en charge complète des polices de caractères GDOS et SpeedoGDOS.
• Fichiers avancés NeoDesk Program Information permettant une personnalisation complète du fonctionnement de tout programme à partir de l'environnement NeoDesk. Il permet même au nom de fichier du programme d'être représenté par n'importe quelle série de caractères (y compris les caractères minuscules et les espaces).